Laboratorium komputer berada pada suatu ruangan luasnya + 72 m2 berfungsi sebagai pusat system kompeterisasi STAI YAPNAS jeneponto. Berupa ;data base administrasi , pelaksanaan pendidikan , pelaksanaan pengajaran computer, dan perkenbangan lainya selalu di perbaharuisesuai dengan kebutuhan. Pada masa selanjutnya direncanakan penambahan ruangan komputertermasuk penambahan jumlah unit jumlah komputernya sebagai laboratorium komunikasi dan informasi.

Laboratorium komputer merupakan fasilitas yang digunakan khususnya untuk dosen dan mahasiswa dalam kegiatan belajar mengajar.

Laboratorium Program Aplikasi Umum dapat digunakan oleh Dosen dan mahasiswa untuk semua Prodi untuk matakuliah Praktikum Komputer dan Internet

Laboratorium internet dipergunakan untuk mahasiswa khusus menggunakan Personal Computer dan Laboratorium Programming dikhususkan untuk Laboratorium Programming Mahasiswa TIK.

Kedepan STAI YAPNAS JENEPONTO akan menambah 2 Laboratorium lagi yaitu Laboratorium Multimedia dan Laboratorium Jaringan serta Ruangan Video Conference.