STAI YAPNAS  memiliki gedung perpustakaan seluas 200m dengan jumlah buku sekitar 10.050 eksemplar . dari 812 judul buku terdiri dari buku wajib ,buku ajaran,buku rujukan,buku kerja tugas,tugas akhir mahasiswa(skripsi), laporan penelitian, buku terbitan pemerintah,penerbitan dalam dan luar negri.selain itu bantuan buku-buku wajib sekitar 500 eksemplar bersumber dari Depag RI.

Penataan koleksi dilakukan dengan cara menggunakan system perjurusan yaitu :jurusan S.1 PAI, S.1 Akhwal Syakhsyisyiah , jurusan PGSDI/MI , dan PGTKI.disamping itu juga ada koleksi manuskrip tentang etnis Sulawesi selatan dan banyak jilid tafsir dan pedoman penelitian , kajian-kajian metodologi pengajaran dan ilmu-ilmu hadist yang berbahasa arab.koleksi perpustakaan yang ada dari bantuan Depag RI.Kopertais Wil.VIII dan perpustakaan wilayah Depdiknas dan bantuan dari Depag Kabupaten jeneponto serta bantuan Yayasan.

Perpustakaan memberikan layanan baca di ruang perpustakaan , jasa penelusuran karya ilmiah , dan jasa konsultasi bimbingan magang.pemimjaman buku koleksi perpustakaan diberikan layanan bagi seluruh sivitas akademik STAI.

Perpustakaan di dukung oleh empat ( 4 ) orang tenaga perpustakaan dan 4 tenaga administrasi, jam buka perpustakaan :

a. Kamis : 08.00-16.00

b. Jumat : 08.00-15.00

c. Sabtu : 08.00-16.00