STAI YAPNAS Jeneponto  didirikan melelui proses pemikiran panjang yang matang, perenungan mendalam, dan perencanaan yang seksama oleh pada pendirinya. Sekolah Tinggi Agama Islam  ( STAI ), Yayasan Pendidikan Nasional ( YAPNAS ) Jeneponto didirikan pada tanggal 01 September 1999.

STAI YAPNAS jeneponto pertama kalii membuka pendaftaran penerimaan mahasiswa baru dimulai 1 tahun setelah pendirianya yakni bulan September tahun 2000. Berdasarkan SK Yayasan STAI YAPNAS jeneponto  No. 05/BP-YAPNAS /JP/VII/2000, tanggal 10 juli 2000, tentang penerimaan mahasiswa baru, dibuka dua Fakultas yakni masing-masing Fakultas Tarbiyah jurusan Pendidikan Agama Islam,S.1 PAI dan Fakultas Syariah S.1 Hukum Islam jurusan Akhwalul Syakhsyiyah. Pendirian Sekolah Agama Islam ( STAI ) YAPNAS jeneponto, mendapat dukungan penuh Pemerintah Daerah ,Depdiknas, Dan Departemen Agama Kabupaten Jeneponto.

Kopertais wilayah VIII Di Makassarmelalui surat rekomendasi No.Kop-KSJ/PP.009/155/2001,Tanggal 31 agustus 2001,tentang usul terdaftar prodi tersebut, sehingga Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam dengan No.SK.E/272/2001,tentang pemberian status terdaftar Program Strata Satu ( S.1 ) PAI dan S.1 Ahkwalul Syakhsyiyah STAI YAPNAS jeneponto terbit tahun 2001. setelah dua tahun berjalan, Prodi S.1 PAI dibuka pada tahun 2002, kemudian disusul izin penyelengaraan Program Diploma Dua ( D.2 )Pendirian Guru Taman Kanak-Kanak Islam ( PGTKI ) PADA STAI YAPNAS jeneponto dengan status terdaftar pada tahun 2003. Penetapan REKTOR IAIN Alauddin Dan Koordinator Kopertais Wilawayh VIII, Maka dengan demikian sejak tahun 2001 hingga 2003 telah berdiri 4 ( Empat ) jurusan pada STAI YAPNAS jeneponto.

  1. Deklarasi Pembukaan Ketua STAI

Pada tanggal 04 April 2003 acara  Pelantikan Ketua STAI bersamaan dengan ketua-ketua sebagai pembantu Ketua I, Pembantu Ketua II, Pembantu Ketua III. Masing-masing Ketua STAI yaitu Drs.abd Fttah S.  Tika M.A   Pembantu Ketua I yaitu Abd Rahim Sila,S.Ag, M.M. pembantu Ketua II yaitu Drs.Abd.Hamid Sulaeman, dan Pembantu Ketua III yaitu Drs.Abd Gaffar Kamal,M.A. Pada upacara deklarasi tersebut dilantik dan disumpah oleh pengurus Yayasan Yaitu Bapak Ir.H.Andi liorong Lologau M.M sesuai dengan Surat Keputusa ketua Yayasan  YAPNAS jeneponto No.08 BP/YAPNAS/JP/III/2003

Tentang Pengankatan Ketua STAI bersama pembantu Ketua I , Ketua II, Ketua III Periode tahun 2002-2007.

  1. Pendirian Prodi Dalam Lingkungan STAI YAPNAS jeneponto

STAI YAPNAS jeneponto yang didirikan sejak tahun 2000 memiliki 2 ( dua ) Fakultas yaitu Fakultas Tarbiyah dan Fakultas Syari’ah. Fakultas tarbiyah terdiri atas jurusan  Pendidikan Agama Islam  jenjang Strata Satu ( S.1 ) Dan jenjang program diploma dua (D.2) masing-masing jurusan Pendidikan Guru Sekolah Dasar Islam /Madrasah Ibtidaiyah (PGSDI/MA). Fakultas Syari’ah Yaitu  jurusan Akhwal-Al Syakhsyiyah (AS) jenjang Strata Satu (S.1). Sesuai dengan surat keputusan  Mentri Agama oleh BINGBAGAIS pada tanggal 20 Nopember 2001 

  1. Tahun Berdirinya Program Jurusan Pada STAI YAPNAS jeneponto

Dalam lingkungan STAI YAPNAS Jeneponto telah berdiri 4 (empat) jurusanb yaitu jurusan Pendidikan Agama Islam jenjang Strata Satu (S.1) , jurusan Akhwalul Syakhsyiyah jenjang Strata Satu(S.1),Jurusan PGSDI/MI Dan yang terakhir jurusan PGTKI jenjang Diploma Dua (D2) . keempat jurusan ini berlangsung sukses sejak tahun 2000 sampai tahun . pada tahun 2007 pemerintah menghentikan sementara Progranm Diploma Dua (D.2) STAI YAPNAS jeneponto , maka demikian prodi yang masih aktik sekarang tahun 2008/2009 terdiri (2) dua jenjang strata satu (S.1) yaitu jurusan Pendidikan Agama Islam dan jurusan Akhwalul Syakhsyiyah.

Berikut ini tanggal dan tahun masing-masing berdirinya prodi pada STAI YAPNAS berdasarka SK .DARI KOPERTAIS WIL.VIII berdasarkan kewenangan :

  1. Pada tanggal 20 nopember 2001 Prodi S.1 PAI resmi pada STAi YAPNAS jeneponto sesuai SK Mentri Agama No.E/272/2001.
  2. Pada tanggal 20 Nopember 2001 Prodi Akhwalul Syakhsyiah resmi pada STAI YAPNAS sesuai SK Mentri Agama Islam No.E/272/2001 ( DIdirikan pada tanggal yang sama).
  3. Pada tanggal 26 juni 2001 jurusan PGSDI/MI resmi pada STAI YAPNAS jeneponto sesuai SK Kopertais wilayah VIII DENGAN No.08/2001,pada saat ini ditutup pada tahun 2007.
  4. Pada tanggal 10 juli 2003 jurusan PGTKI (Pendidikan Guru Taman Kanak-kanak Islam) resmi pada STAI YAPNAS jeneponto sesuai SK .Kopertais Wilayah.VIII 007/2003,dan pada hari ini jurusan PGTKI ditutup sejak tahun 2007.

Kehadiran STAI YAPNAS jeneponto dalam mengisi pembangunan sangat berperang,khususnya dalam sector pembanguna sumber daya manusia dan pembangunal spiritual keagamaan.sumbangan pembanguna sebagai sumber daya manusia yang handal dalam bidang tenaga kependidikan ,alummi Fakultas Tarbiyah sejak tahun 2004 sampai dengan 2008, sebanyak lima angkatan ,dimana sebagian besar telah terangkat sebagai PNS yang tersebar di daerah  jeneponto,dan didaerah lain yaiti dikab.takalar,Gowa,Makassar,Kalimantan,Maros,Sulawesi Tengah Dan Sulawesi Tenggara,Kolaka ,dan Kendari.tidak ketinggalan juga didaerah Iriah Jaya pada daerah wilayah ujung timur Indonesia.

Keberhasilan Alummi STAI YAPNAS jeneponto di dukung oleh factor kinerja dan kerjasama antara dosen dalam lingkungan  STAI  dan beberapa Instansi yang terkait.

  1. Factor pertama, yakni adanya dukungan dan motivasi pemerintah daerah,Departemen Agama Dan DIKNAS kabupaten sehingga dalam jurusan Fakultas Tarbiyah Strata Satu (S.1) PAI,Program Diploma Dua (D.2) baik PGSDI/MI maupun alumni PGTKI dapat terangkat mengjadi pegawai negri,guru kontrak dan tersertifikasi. 
  1. Factor kedua, adalah berkat kerja sama dalam pembinaan Kopertais Wilayah VIII dengan STAI YAPNAS jeneponto
  1. Factor ketiga , adalah peranan penelitian dan pengabdian pada masyarakat khususnya pada mahasiswa PPL-KKN pada saat itu mahasiswa mengadakan kegiatan fisik dan non-fisik.mereka aktif membantu masyarakat membangun masjid dan musholah ,melakukan pergerakan dakwah islamiah pengajian majelis taklim dan lain-lain
  1. Factor keempat, adalah kinerja STAI YAPNAS jeneponto aktif melaksanakan seminar Regional dan Nasional , baik dilaksanakan di kampus sendiri maupun di gedung yang besar dan luas di ibukota kabupaten,misalnya, Seminar Nasional Pemberdayaan  Zakat dilaksanakan di ibukota kabupaten dengan pemateri dari BASIS tingkat provinsi Sulawesi selatan, seminar nasional tentang UU Guru dan Dosen dilaksanakan di ibukota kabupaten dengan pemateri bapak Prof.Dr.Manyur Ramli , MA dari Balitbang Depdiknas Jakarta pusat.selain itu telah dilaksanakan pula pelatihan pengisian sertifikas guru  dan dosen oleh Prof.Dr.Muh.Jufri dari UNM Makassar Dilaksanakan di Kampus YAPNAS.         Masih banyak jenis kegiatan yang tak sempat di utarakan baik berupa peluan dan tantangan , namun dipaparkan pada setiap wisuda setiap tahun.